Muy pero muy difícil casi imposible... Resulta que hay tipos de clonadores:
1. El que le interesa solamente el frontend es decir el html puro de tu sitio web, este lo puede conseguir con peticiones GET a tu sitio web con curl en php y con cron repetir el proceso continuamente, con c#, python, etc. Ya con el html se procede a modificar enlaces, con reemplazos, expresiones regulares para quitar el viejo dominio por el nuevo, así mismo colocar su publicidad, etc. Para este caso lo único que queda es bloquear el IP o en su caso denunciarlo con google como contenido copiado.
2. El que le interesa el frontend y el beckend bueno en este caso lo único que podrá hacer es simular las funciones php pues esta ciego...
En conclusión hoy en día no se puede evitar la clonacion de los sitios webs, es prácticamente imposible bueno en cuanto a frontend