Si no recuerdo mal, los canonical se utilizan para indicarle a Google cuándo una url es "la preferida".
Es decir, imagina que tienes varias URL diferentes que tratan un mismo asunto, utilizan practicamente las mismas fotos y texto casi similar. Mediante rel=canonical le indicas a Google a cuál le das la prioridad.
De esta manera evitas contenido duplicado.
Se utiliza mucho en ecommerce, imagina URL´s diferentes en la que una trata sobre un "Sombrero rojo" y su descripción y otra sobre un "sombrero Azul", ahí estaría bien utilizado el canonical.
El rel canonical se puede usar para dentro de una web y entre diferentes webs.
Ah, y una cosa que la gente pasa por alto. Cuando el contenido no es muy similar Google puede saltarse el canonical y no hacerle caso.
Saludos