Aprenderseoline, lo que debes hacer es dar de alta el sitio con el nombre de dominio internacionalizado, el cual tiene una forma similar a esta: xn--and-6ma2c, y listo. Tu registrar debe proveerte la forma de dominio internacionalizado para ese dominio con ñ.
tienes que convertirlo al formato estandar... Verisign IDN Conversion Tool colocas el nombre del dominio y lo que te muestre como resultado es lo que tienes que poner. ejemplo
ñandu.com quedaria: xn--andu-fqa.com