Pongamos otro ejemplo, ahora con gráficos.
Piensa en las categorías como los grandes temas de tu sitio, ok. Si fuera un libro, estaría al principio, en MS Word la llaman "Tabla de Contenido", tiene categorías principales y subcategorías. Todos los temas de tu sitio, caen por lo menos en una categoría (una y solo una sería ideal, pero a veces es conveniente hacer un cruce de información o marcar ciertas entradas como "importantes"):
¿La tabla de contenidos es relevante para tus usuarios? ¿Son importantes para tu sitio? ¿Si? Indéxalas, ni preguntes.
Las etiquetas son algo mas atómicas. Una referencia puntual a un tema, a un término, a una definición, a una persona. Si tu blog fuera un libro, sería el índice de palabras que aparece al final de muchos libros, en MS Word se llama "Índice":
Si tu blog tiene mucho contenido, tener un índice de palabras, en forma de "Nube de Etiquetas" es fabuloso para el usuario. Si marcas al final de cada artículo las palabras relevantes, los usuarios podrán encontrar contenido relacionado, haciendo clic en esa etiqueta.
¿Conviene indexarlas? Si los resultados que presenta son relevantes si. Muchos usan una etiqueta diferente en cada post. Y tiene mil post y mil etiquetas. Y cada etiqueta solo regresa una sola entrada. ¿Es tu caso? ¿Que aporte le das a los visitantes con ese tipo de resultados? No las indexes.
Pero si una etiqueta relaciona contenidos de diferentes categorías, de forma que el usuario encuentra valor en el resultado, claro que te conviene indexarla.
No hay una respuesta correcta o absoluta. Depende de tu sitio y de lo que ofreces.