Para robar el dominio tendrían que tener acceso a muchos datos aparte de lo que corresponda a hackear la web. Prueba a restaurar todo a un par de semanas antes del problema a ver, amigo.
No entiendo, dices que el dominio sale en transferencia.
¿Dónde sale así? En el registrador?? Si es en el registrador, te puedes loguear y lo ves en transferencia, sencillamente cancela la transferencia y cambia las claves de una vez. En el hosting no tiene porque aparecerte si el dominio está o no en transferencia, por eso asumo que es en el registrador.