Muchas gracias Budha, ya solucione el problema con algo de código css.
Pues justo a eso es a lo que me refiero, ocultar con CSS algo no evita que los buscadores lo vean, os recuerdo que los buscadores no miran lo bonita que es nuestra Web, ellos miran solo el código fuente de la Web, y como en tu caso en concreto, si encuentran en cada pagina más de un H1 la valorarán peor ya que cada pagina debe tener un H1 como máximo.
Repito lo que ya dije arriba, yo buscaría en el Theme los H1 que sobran y los cambiaría por H2, luego a esos H2 se les da un poco de CSS para que queden igual que aparecían los H1 y todos contentos, el Seo es mucho mejor, los buscadores valoran la Web mucho mejor y tu cliente estará más contento.
Haber si el problema es que no tienes conocimientos de programación me puedes pasar el Theme y yo mismo te hago los cambios de forma gratuita, si es cuestión de invertir media hora de tiempo.
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Haber, he conseguido el Theme en cuestión y me lo he puesto en un WordPress en mi servidor local, cuando añades un encabezado para un Widget, ya sea en el Footer o en el Aside, por defecto te pone un H2.
Si a ti te aparece el título del Widget como H1 es tan simple como ir a "apariencia/widgets" y cambiar los encabezados de H1 a H2, tan simple como eso, no hay que tocar ni código fuente ni añadir CSS ni más historias.
Un cordial saludo