MySQL utilizando MyISAM para lectura rápida de datos en tabla. Si la aplicación es relacional, constraints, relaciones, etc.. lo tuyo sería usar MySQL innodb.
Por otro lado, MongoDB no es relacional. No existe un esquema definido, ya que puedes crearlo al vuelo (mientras insertas data).
Así, que debes plantearte primero que tipo de aplicación vas a desarrollar. La estructura, el flujo de datos, módulos. (Arquitectura)
En mi caso, yo iría por lo que conozco e implementar algo en paralelo. Por ejemplo, yo utilizo Redis para las sesiones y para almacenar datos recurrentes o data que se lee constantemente. Así evito que MariaDB se sobrecargue.
Ejemplos de usos: lista de top jugadores o medallas recien logradas por usuario. (Sí, es para un juego)
Si es posible usa MariaDB.
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