La respuesta a esta pregunta puede variar según el software que estes usando. ¿Tenés solo el servidor web en ese sitio? ¿Servidor web y base de datos?
Para ir a lo seguro te puedo decir que el problema más serio es llegar al 100% de utilización y que utilice memoria SWAP (osea, usar el disco como reserva) y por lo visto, tenés de sobra. Es más, en ciertos casos, conviene configurar la base de datos y/o servidor web para que utilicen la mayor cantidad de memoria posible, ya que suele ser uno de los recursos más rápidos (y más si estamos hablando de VPS/Computación en la nube).
Algunos ejemplos, más memoria utilizada en el caso de MySQL suele estar relacionado con el tamaño del cache y otras configuraciones que ayudan a que las consultas se hagan mucho más rápido. Implica también menos utilización de IO (Disco).
En el caso del servidor web, más memoria utilizada suele estar ligado a un servidor web multiproceso (Apache 2, de la corriente prefork) con varios procesos levantados en memoria, ya sea porque se estan procesando muchos pedidos web a la vez o porque hay varios procesos esperando recibir pedidos, en ambos casos, implica que hay menos utilización de CPU y disco, al no tener que levantar y matar procesos todo el tiempo. Por supuesto, hay otras variantes (nginx por ejemplo o Apache 2 worker) que no tienen ese problema.
Saludos,