Es muy poco probable tener semejante bajada de tráfico por una caída de 12 horas. Nadie está a salvo de los fallos técnicos y Google lo sabe, no te penaliza por ello salvo que las caídas sean demasiado frecuentes y prolongadas.
Incluso en el caso de tener la web offline varios días y tener una caída de tráfico por ello, lo habitual es que el tráfico se recupere poco a poco sin mayor drama.
Yo buscaría la razón del desplome en otro lugar... quizás un posible cambio de máquina por parte del hosting pudiera ser una razón. Dices que la bajada de tráfico fue dos días después de la caída, tal vez hayan cambiado la ip de tu máquina o algo así y te hayan asignado una conflictiva. Tal vez una nueva configuración del servidor esté causando algún tipo de bloqueo al bot de Google o a algún elemento del sitio... ¿ has mirado Search Console?