Creo que sería mejor colocarlo en el mismo footer entre las etiquetas <script></script>
<script>
$(document).ready(function() {
$('.main-circle').click(function() {
$('.sub-circle-container').slideToggle();
});
});
</script>
Claro, es un js y el funstions es php puro y duro, su mismo nombre lo indica.
Creo que es mejor que agregues el código en el archivo footer.php, o en el header que también podria hacerse, ya que quieres que funcione en el codigo, si lo pones en function me parece que te va a dar error o algún problema. Muy bien el código de codepen .
