Es una cuestión de demanda y oferta, los anunciantes parecen estar dispuestos a pagar más por aparecer en un 728x90 que en un 336x280. Aunque, como comentas, lo importante es el RPM, igual el 336x280 tiene mayor CTR que el 728x90 y compensa el menor CPC.
Yo por ejemplo, en la versión de ordenador, utilizo dos 728x90 y uno de 336x280. Antes tenía dos de los últimos y sólo un 728x90. Y tengo un RPM más bajo. ¿Entonces, por qué he cambiado? Pues porque a largo plazo mis blogs son más competitivos a los efectos de posicionar, y si se van los usuarios del sitio lo harán pagando más (si se quedan, mejoran mi respuesta de usuario y por tanto el posicionamiento; si se van, lo hacen dándome el mayor CPC posible).
Igualmente cada proyecto es un mundo, y la estrategia de cada uno también, yo después de muchos años prefiero tenerlo así, pero he ido cambiando cada X tiempo, porque vas aprendiendo, viendo cómo sitios de éxito implementan Adsense, etc.