Espero que tengas acceso al archivo de edición .fla, si es así... los pasos principales son:
Crea una capa superior (debe ser la que está más arriba de la pila de capas), arrástrala a un lado para que quede oculta en el navegador, ahí ingresas tu texto con las palabras clave y tu descripción (sin poner nada de meta delante, sólo el texto)
Después revisa las zonas que tengan texto importante, conviértelos en Movieclip, abre la paleta de accesibilidad, y lo vinculas con las zonas anteriores, en la paleta de accesibilidad ingresas el texto que quieres reemplazar (ojalá con los términos a posicionar), en tabulación debes indicar el orden para ese clip, si es el primer texto que Google debe tener en cuenta debes ponerle 1, si es el segundo 2, etc. Como siempre Google lo tendrá en cuenta si quiere, no depende de lo que tú le digas.
Genera un header con los típicos metas, Google lo tiene en cuenta si usas flash
En el contenido alternativo al embed, usa los términos a posicionar "web sobre x tema" o como te agrade manejarlo
nota - si el cliente quiere seguir usando flash, propónle un blog paralelo, que se vincule desde flash
- - - Actualizado - - -
Ah se me olvidaba, como a Google le gustan los PDFs (no me preguntes porqué), también deberías subir un PDF con toda la información del sitio web, por supuesto que sea accesible y ojalá con toda la zona de keywords rellena...