Si te refieres a la actualizacion de 6.2 a 6.2.1, en la descarga viene una carpeta "whmcs", lo que está dentro, lo subes al directorio de tu instalación WHMCS (son 2-3 carpetas y 1 archivo libre).
Le das a reemplazar y listo.
PD. Hacer respaldo antes de cualquier actualización es recomendado.
PD2. No entiendo por que con cada duda que tienes sobre cualquier tema, la haces en la sección de servidores dedicados...