Problema al crear subdominios con vbseo en sitio web

Tengo vbseo instalado, el problema es que cuando creo subdomains en mi sitio, no deja leer archivos php , me marca error, alguien sabe por que pasa esto??

el vbseo trabaja con .htacces , el problema es que la configuracion del .htacces provoca problemas en el host, y no es el primero, ya van en dos servidores distintos que da este problema .

Configuro un subdominio y cuando subo archivos php no los lee marca error de configuracion

subdominio.dominio.com

asi me marca error

si accedo al subdominio como carpeta normal no tengo problema.

con archivos html no me da errores, el problema es con php.