Probablemente en el theme que has elegido existe alguna rama de reglas css que este haciendo conflicto con una regla muy especifica que no lleva rama desde el tronco del body (ejemplo:
body .clase #identificador tag{ codigo }
.
.
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#identificador{codigo} ó
.class{codigo}
Normalmente la rama siempre tiene mas peso, si es así, después de cada linea en las reglas de tu código antes de cada punto y coma, escribe el termino "!important" (sin las comillas), un poco truculento pero efectivo en estos casos.
Si aun asi sigues teniendo problemas fijate en los layers como has hecho las mediciones, aveces se nos pasa 1px y basta para que se vaya abajo. Si mediciones estan correctas revisa tus margenes y paddings. Eso también hace que tu calculo incurra en errores.