Yo para actualizar borro el theme anterior y subo el nuevo, después machaco el styles.css y algún otro archivo por ahí que haya cambiado (ahora estoy eliminando shortcodes así que ese es otro que tengo que cambiar)
Karma lee la versión del archivo del style.css, así que asegúrate que en el archivo de estilos, cuando se indica la versión del theme (al inicio del archivo), sea la misma versión que se muestra en el theme que estés usando, sino siempre te va a mostrar que el theme no está actualizado
Se me hace raro que no te aparezca lo de SEO, yo llevo como un año con la plantilla y ya tenía esa opción... si quieres deja una captura de pantalla o intento revisar si me pasas los datos, aunque supongo que sí tú dices que no está es porque no está
Los productos de Yoast me parecen horribles, sólo he tenido problemas con ellos
Recomendaciones de SEO... la verdad yo no me complicaría mucho, como te comenté, desde que activé el módulo ha empeorado el posicionamiento, he probado con otros y tampoco ayudan gran cosa... y Karma es bastante complicadito de manejar con plugins relativos a SEO, probé algunos y nainai... no funcionaban...