A mi a veces me suele pasar, se queda un par de días congelada la indexacion según search console y de repente suben de golpe todas las paginas que estaban pendientes. Pero buscando en google site:miweb.com me indexa correctamente las paginas nuevas que supuestamente no están aun indexadas. Puede ser que a veces no se actualiza correctamente search console. Si te aparecen las paginas en google no me preocuparía.