A mí me pasó hace tiempo.
Me avisaron de que algunos no podían entrar porque el Avast detectaba un virus en el sitio. Lo probé con varios antivirus online y ninguno detectaba nada. Me bajé todo el directorio del sitio al PC y lo analicé con el AVG, tampoco detectó nada.
Al final me instalé el Avast y ví qué era lo que detectaba. Un archivo de un plugin lo detectaba como virus, pero ningún otro AV detectaba nada. Lo achaco a un falso positivo..
El caso es que probé a eliminar ese archivo y todo siguió funcionando bien, así que así se ha quedado. En tu caso, me bajaría todo el directorio del sitio, instalaría el mismo AV que use quien te haya avisado (no me extrañaría que fuera el Avast también) y vería si el virus detectado es parte de algún plugin o algo que puedas quitar.