Yo no recomiendo los popup, ya que son molestos para el usuario y puede provocar que cierre la página y no vuelva. Si quieres poner algo asÃ, es preferible un popunder (es decir, lo mismo pero que se abre por debajo, sin saltarle en mitad de la pantalla al usuario). Aún asÃ, son molestos. Un poco menos, pero molestos igualmente. Aparte de lo que dice CarcaBot: hoy en dÃa hay multitud de complementos para los navegadores (especialmente Firefox y Chrome) que evitan que salten ventanas no solicitadas. Incluso llegan a bloquear la publicidad normal de banners (el mismo Adblock).
Si aún asà sigues dispuesto a ponerlos, la mayorÃa de las empresas de publicidad tienen la opción de popup o popunder. Basta con elegir dicho banner cuando eliges el anuncio a mostrar y ya te darán el código que debes poner en vBulletin. En este caso podrÃas ponerlo tanto en las opciones de publicidad de vBulletin, como editando una plantilla como header, footer o cualquier otra que se cargue siempre, por poner unos ejemplos.
Un saludo, Gorgias.