un .com con certificado SSL, en realidad tanto el .com .net .org casi tienen la misma autoridad ya que para su adquisición no tienen requisitos, si bien el .org es ideal para ONGs no tienes presentar ningún requisito para demostrar que eres una ONG, porque si fuera así sería el mas importante, fíjate que tampoco tienes que presentar documentos de tu negocio o empresa si registras un .com ya que estos dominios se supone son para empresas, instituciones o personas que hacen comercio.
y lo de .gob .edu ya sabes por que son los más importantes no cualquiera puede registrar dominios con estas terminaciones, por si solo ya te dice por que son los mas importantes.
Ahora si quieres que tu sitio tenga buena reputación para Google te compras un certificado SSL para todo tu sitio o al menos para tu dominio principal y eso Google lo ha de valorar muy bien.