Hay programas que aún en x64 no harían diferencia con su versión x86, por lo que no sacan en ambas versiones.
Me imagino que es por eso que por ejemplo, Chrome no tiene versión x64 y solo tiene x86.
Ahora, si al descargar un programa, te dice descargar en 64 o 32 bits, siempre elegí el de 64, que va a hacer un mejor uso del sistema. Sobretodo en programas pesados, como de diseño, video, etc.
Saludos!