Usar un archivo .map

Bueno como veran mi SO es linux y para crear una cabecera uso ese y ahora cree una con enlaces para volver a el foro y otras cosas.

Ahora la pregunta es como puedo usar ese archivo de cabecera?

Mi vbulletin es el 3.8.1

Por cabecera te refieres al header? si es asi para editar la cebacera no necesitas crear ningun archivo .map ya que solo tienes que editar la plantilla Header y navbar para agregar enlaces en tu foro.
Todo eso lo haces en el admincp -> estilos y plantillas, buscas estas dos plantillas y las editas para colocar los enlaces.

Saludos.