Todos los ingresos y los gastos los presentarías con facturas. A partir de que seas autónomo tendrás que acostumbrarte a pedir facturas de todo y tu tendrás que emitir facturas para cobrar (por ejemplo a Adsense, tendrás que emitir una factura cada vez que te hagan un pago y es lo que presentarás a la gestoría para que hagan tu declaración trimestral).
Lo de operador intracomunitario es para poder tener operaciones de compra-venta con los países miembros de la UE. En el caso de Adsense, Tradedoubler y otras empresas que estén dentro de la UE, cuando te emitan el pago no te pagarán IVA (están exentas esas operaciones) y por eso es importante. En principio creo que si te quedarías igualmente con los 50€/mes durante los primeros 6.
Sí, te quedaría una miseria es cierto... pero igual que te queda un miseria si facturas 1000€/mes y ya no estás en el período de "rebajas"... 261€ de cuota - 21% de IRPF... haz cuentas. Lo de no pagar la cuota es algo que se hace y puede que no te pase nada o si te toca inspección te tocará pagar lo que debes y una multa (pequeña, esas multas siempre son acordes a los ingresos...). La ley que regula eso dice: "Los trabajadores que presten de forma habitual, personal y directa una actividad económica"... no habla en ningún momento de cantidades, sólo dice que si es de forma habitual, personal y directa estás obligado y si, por ejemplo, cobras de Adsense cada mes... pues ya es habitual...
Conozco casos de personas que cobran mucho más de 1.000€ al mes y no se han hecho autónomos y no han tenido problemas. También casos de personas que cobran menos y sí han tenido "problemas" (esa pequeña multa y la reclamación de las cuotas anteriores). Es un poco cuestión de suerte y que tu ingresos no llamen la atención en Hacienda.