Solo sube todos los archivos nuevos de la version 3.5 sobrescribiendo los que ya tienes en el servidor. Corres el archivo ww.tusitio.com/foros/install/upgrade.php y sigues todos los pasos. Al final ya tendras tu foro actualizado a la 3.5
Ten en cuenta que subiendo todos los archivos a tu servidor y rescribiendo los ya existentes, hará que ninguno de los hacks que tengas funcionen.
Así que siempre guarda copias por si las llegas a necesitar.