En la configuración y "Guardar cambios y vaciar el cache" Debería eliminar todo y recrearlos.
Hay explicación técnica para argumentar el tamaño del cache, que no me voy a poner a explicar acá ya que esta claramente detallada en la página del plugin.
Lo que aliviana la carga es usar este hook:
add_filter ('autoptimize_js_include_inline', 'readme_ao_js_include_inline', 10,1);
readme_ao_js_include_inline function () {
return false;
}
Pero antes de usarlo lee los motivos que puede estar afectando tu sitio.