Tuvimos un problema parecido en nuestro blog, resulto ser que el theme era hecho por algún ingles y como no usan tildes se quitaban las letras que llevaban tildes automáticamente, al final resulto ser problema de HTML y era cosa de editar un archivo JS en la carpeta del theme /wp-content/theme/js
Y asunto arreglado.. tal vez pueda ayudarte.. aunque este problema lo resolvió mi colega que se encarga de la parte de Programación en el blog.. pero no es complicado le hago la consulta y luego te digo lo que has de hacer.. eso claro si fuera el mismo caso y tu theme usara canvas para ajustar el tamaño de las fonts, aunque también hay themes que tienen una opción que dice activar o desactivar canvas para ajustar los títulos, tal vez tenga algo similar el tuyo.
Y si no pues puede ser cosa de codificación que no creo si solo pasa en las tildes pero no en las ñ
En mi caso me tocó crear una nueva fuente cufon, subirla, cambiar la llamada al CSS (o sobreescribir el nombre de la fuente, no recuerdo), hoy día con las Google Webfonts y las opciones que traen los themes debería ser mucho más sencillo cambiar la tipografía, de hecho como dices sólo cambiaste algún parámetro, supongo que en el mismo theme.
En mi caso me tocó crear una nueva fuente cufon, subirla, cambiar la llamada al CSS (o sobreescribir el nombre de la fuente, no recuerdo), hoy día con las Google Webfonts y las opciones que traen los themes debería ser mucho más sencillo cambiar la tipografía, de hecho como dices sólo cambiaste algún parámetro, supongo que en el mismo theme.