Si quieres volver al W3-Total-Cache, que a mi entender es uno de los mejores o bien el mejor que he probado hasta ahora, trata desinstalar el plug, como te dice en la pagina de desinstalación, es decir sigue los pasos y borra los archivos. Luego vuelve a instalarlo, te recomiendo que descargues la ultima versión y que lo hagas por el administrador de plugins del Wordpress, es decir que el se instale solo, tu solo has clic en instalar. No se por que algo parecido me paso una vez, lo que entendí es que se corrompieron algunos archivos. Siempre es bueno borrar la cache del programa de vez en cuando.
Ah y si tiene algo que ver tu Cache con el CRT, pues en el caso de Google, ellos evalúan el sitio, no solo por calidad de contenido, sino también por tiempo de carga. Así que si tu sistema de Cache no es el adecuado o no esta funcionando bien, puede hacer que tu sitio tarde mas de lo normal en cargar. Te recomiendo que chequees tus demás plugins y quites los redundantes, los que utilizan JQuery suelen todos llamar a el mismo archivo de JQuery, pero cada uno en su propia carpeta, en la carpeta de cada plugin. 🙂