Como te dije, solo vas a causar problemas si instalas encima, pero si lo tenes en una partición aislada podes darle formato para dejarlo limpio e instalar encima sin ningún inconveniente, si instalaste todo en la misma partición ahí estás jodido... como te dijo
@moiseseccam son diferentes formatos, así que tenes que hacer todo pensando en eso... y no por usar Windows te van a robar o algo así, tenes que buscar seguridad acorde como por ej Nod32 Internet Security que es muy bueno, y evitar las páginas porno pirata que suelen tener scripts inyectados, luego total siempre la culpa es de Windows...