Te lo resumiré de la manera más simple con 3 opciones:
Shopify: Servicio de alquiler donde tu web (tienda) no te pertenece, es decir; solo alquilarás una web, terminaras pagando por la mayoría de complementos ya que muchos son de pago por muy simples que sean, luego si deseas independizarte/terminar el servicio no podrás llevarte nada. (Es un tema bastante delicado con respecto a los comercios electronicos, nadie quiere montar/invertir en un proyecto serio donde tu no eres el dueño).
Prestashop: Serás dueño de tu tienda, pero debes tener en cuenta que este CMS esta poco optimizado, tiene muchos fallos y es complicado para los novatos.
Woocommerce de la mano de Wordpress: Este es el más usado por mucho, te pertenece 100%, software libre y tiene la mayor taza de personalización, literalmente hay complementos gratis y de pago para hacer cualquier cosa con un par de clics.
Manejo los 3 y otros CMS más en comercio electronico, solo te hago la comparación de estos 3 de manera resumida ya que son los que mencionan en el post.
Te recomiendo investigar cada uno de estos casos y tomar tu propia decisión.
