Si esas empresas retienen ese 21% , es de suponer que lo ingresan a Hacienda en tu nombre, con lo cual estás figurando como receptor de ganancias. Deberías ser autónomo antes de recibir pagos de esas empresas, porque no hay otra manera de reconocer esos ingresos.
Los autónomo pagamos ese 21% de los ingresos netos cada tres meses; desglosamos ingresos y restamos gastos, de esta manera te da el importe neto, del cual se paga ese porcentaje. Así mismo, si se cobra IVA, también se resta el IVA soportado y se ingresa el resultante.
Después en la declaración anual de la renta, dependiendo de tu situación personal (ingresos, gastos, cargas familiares, hipoteca...), te tocará pagar más o que te devuelvan parte de lo retenido.
Un saludo