¿Scripts? Sobrecarga en servidor

Esta mañana me llevo la sorpresa de que el hosting, ha cerrado temporalmente la web por sobrecarga.
Las explicaciones que me han dado son que, algunos scripts, estan sobrecargando el servidor.
Me indican esto:

18:44:28 up 1 day, 18:49, 3 users, load average: 6.40, 8.80, 11.42

Running Proceses:
danycabl 24974 0.8 0.1 34732 16452 ? S 18:51 0:00 /usr/bin/php /home/miusername/public_html/foro/showthread.php
danycabl 25231 2.0 0.1 34732 16444 ? S 18:51 0:00 /usr/bin/php /home/miusername
/public_html/foro/showthread.php
danycabl 25345 3.6 0.1 34992 16248 ? S 18:51 0:00 /usr/bin/php /home/miusername
/public_html/foro/profile.php
danycabl 25433 0.0 0.1 31428 14960 ? S 18:51 0:00 /usr/bin/php /home/miusername
/public_html/foro/usercp.php

MySQL Processes:
| 9383 | mibasededatos | localhost | mibasededatos | Query | 12 | Sorting result | SELECT post.postid
| 9459 | mibasededatos | localhost | mibasededatos
| Query | 6 | Sorting result | SELECT post.postid
| 9482 | mibasededatos | localhost | mibasededatos
| Query | 2 | Sending data | SELECT title, template
| 9501 | mibasededatos | localhost | mibasededatos
| Query | 0 | statistics | SELECT

Y luego los incoming connections que no son mas de 40 o 50.

El servidor no es dedicado (cuesta mucho dinero y no tengo publicidad en la web).

Tengo vb 3.8.5 con vBAdvanced, he desactivado DownloadsII y otro pluggin (de imageshack) y revisado todos los parametros de configuracion para que haga las menos consultas posibles.
La base de datos pesa 260 megas, pero lo que no me "huele" bien es que, desde hace un mes mas o menos, tengo intermitentemente problemas de conexion a la base de datos (una o dos veces al dia durante uno o dos minutos) y en ese momento, ellos hicieron algun cambio en el mod_security porque tuvieron que habilitarme reglas para no recibir 403 forbiden cuando hacia cambios en el admin de vb.
Desde ese momento, tengo esos problemillas y hoy el de sobrecarga.
Cuando les escribia me decian que debia actualizar vb, ahh! y un posible ataque porque me ha aparecido un archivo en root (llamado mhstchk.php) y me preguntan si tengo la maquina limpia (cosa que si la tengo).
No se, pero no le he visto una gran sobrecarga como para que me digan esto.

Alguna manera de saberlo y/o poder solventar el problema?

Gracias!

Hola gnrx. Ese tipo de carga puede ser por archivos maliciosos en tu servidor, por cogido malicioso en archivos que se ejecutan a diario. Prueba deshabilitando todos los add ons desde el config.php.

Luego de eso revisa tu foro y asegurate que funcione correctamente, si no se sobre carga el servidor es porque uno de los add ons es corrupto. Si el servidor continua con el problema de carga. Es posible que uno de tus archivos de vBulletin este corrupto.

Hola Daniel.
Gracias por tu respuesta.

Ahora mismo tengo el foro activado, y yo veo la misma carga en el servidor, osea, baja. El report puesto en el primer post, me lo reportaron ellos, pero en mi panel de control, la carga que yo veo es muy baja, aun asi, con su report, (al menos yo) no veo una carga excesiva.
Ellos me indican que es por muchas o largas conexiones a la base de datos, y la web tiene menos trafico que en meses anteriores.

Entiendo lo que me comentas, archivos maliciosos o codigo malicioso.
He ido a deshabilitar todos los add ons, pero en el config.php no tengo la linea de codigo que me comentas (no se si solamente debo añadirla).

Nuevamente, gracias!

Exactamente debes añadir el cogido
Despues del

Ok, voy a ello, aunque no se si hacerlo ahora o en algun momento con mayor carga, aunque como comento anteriormente, a traves del panel de control, no veo una carga elevada, lo maximo que lo veo es a un 2%.

Gracias!

Llevo todo el dia con los add ons desactivados.
La carga en el servidor (la visualizo desde el admincp de vb) no baja de 4 o 5, siendo una media de entre 5 y 6.
Estuve leyendo sobre la carga del servidor en vbulletin, en este hilo.
Segun se indica ahi, una carga correcta es de 1 o 2, mi carga es notablemente superior, pero no tengo datos para compararlo con antes (no me fijaba).
En el hosting me hablaron de la funcion "auto save", para crear entradas cada vez y ver que puedo optimizar en la bd y asi hacer que las peticiones se completen rapidamente.

Viendo la carga en server, como lo ves o veis?

Gracias!