Buenas amigo, a mi me ha pasado bastante esto y siempre me pasa cada vez que utilizo una app de terceros para hacer booteable el pendrive, así que siempre voy y hago el procedimiento manual para no tener problemas alguno.
Primero se debe tener un pendrive minimo de 4gb si vas a instalar alguna ISO oficial, o si instalaras algún windows 7 por ejemplo ligero, te recomiendo MiniOs, es muy bueno. y solo requieres de un pendrive de 2gb, bueno aquí vamos.
Te vas a el menú de windows y abres el CMD, hacerlo fácil presionas las teclas windows + R y se te abrirá la pestaña de ejecutar, allí escribes CMD y das aceptar.
Luego, se te abrirá el CMD y escribes diskpart presionas enter, se te abrirá otra pestaña esperas un poco hasta que cargue completamente, te recuerdo que el pendrive debe estar introducido en tu pc.
Luego de que se te haya abierto la pestaña de diskpart, escribes list disk presinas enter, y se te mostraran todos los discos que estén insertados en tu computadora, pendrives como discos duros, allí te fijas de tu pendrive, lo suelo ubicar por la capacidad si es de 4gb te muestra 3822MB.
Te dice el ID de cada disco, Disco 0, Disco 1, Disco 2, Disco x, dependiendo la cantidad de discos que tengas instalado en tu pc, fijate en el número que se le asigno a tu disco.
Luego de eso escribes select disk 1 y presionas enter, que es en mi caso. disk 0 es mi disco duro principal.
Una vez seleccionado el disco, escribes clean y presionas enter, se te borrara todo lo que esta en el pendrive así que si tienes algo importante respaldalo.
Luego de esto escribes, create partition primary y presionas enter, aquí estamos creando nuevamente la partición al pendrive, con el Comando anterior se elimino toda esta configuración.
Luego escribes select partition 1 y presionas enter, para seleccionar la partición y posteriormente poder formatearla.
luego para formatear la partición escribimos. format fs=fat32 quick o format fs=ntfs quick y presionamos enter y esperamos un rato hasta que se termine de formatear la aplicación.
Una vez formateado, escribimos active y presionamos enter, este comando lo utilizamos para activar la partición.
Luego y finalmente un paso muy importante es asignarle a la unidad una letra esto lo hacemos con el comando assign y damos enter.
Hasta aquí ya tenemos preparada nuestra USB para ser boteable, solo falta pasar el windows al pendrive, lo que deben hacer es si lo tienen en una imagen iso, descomprimirlo con winrar en el pendrive o si lo tienen en un disco copiar todo el contenido y pegarlo en el pendrive y caso resuelto, ve y trata de formatear nuevamente tu pc, si tienes alguna duda, no olvides en enviar un MP. 😛7: