Bueno, hay gran cantidad de mitos entorno a esto.
Lo que si es innegable es que los números no mienten, es un principio básico, mientras más visitas tengas, más probabilidades tienes de obtener ingresos.
Para Google y todas las empresas que utilizan sistemas de anuncios, tienen muy claro cuales son las probabilidades máximas de CTR.
Sin embargo, para usos prácticos (para nosotros los mortales comunes) existen posibilidades de aumentarlo y para ello es necesario saber que tipo de usuarios visitan nuestra web. Esta claro que de los usuarios recurrentes no recibiremos tanto como de los usuarios que llegan buscando algo en especifico. Para ellos, hay que diseñar estrategias. El margen en los bloques de anuncios no es de gran importancia, lo realmente importante es lograr que los bloques de anuncios estén lo más integrados posible al diseño de nuestra web, de manera que el visitante casual no note la diferencia entre nuestro contenido y los bloques de anuncios.
Lo otro que es importante es la calidad del contenido, y esto nos lo repite Google una y otra vez.
Mi recomendación es que hagas la prueba, si en tu diseño los margenes hacen que los bloques de anuncios se integren mejor, lo habrás logrado!