Yoast ha tenido una reputación muy buena en los últimos años, pero una serie de catastróficas desdichas le ha hecho perder mucha reputación de la noche a la mañana.
Todo aquel que más o menos este al día de las actualiaciones te va a recomendar All in One, pero creo que Yoast tiene muchísima más reputación y expertise.
Así que bajo mi punto de vista, son dos plugins exactamente identicos que ofrecen exactamente las mismas funcionalidades. Si nunca has elegido uno u otro, no te vas a equivocar, puede que mañana All In One empiece a dar problemas y de pronto como ya ha pasado varias veces en el pasado, y todo el mundo te diga que Yoast es lo mejor. Tira el dado y si sale un numero par, coge Yoast y si sale impar coge All In One.
Yo personalmente uso Yoast, porque ya llevo usándolo desde que salió hace 1 década y a mi personalmente no me ha perjudicado los fallos que ha tenido en estos últimos meses agraciadamente.
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PD: De todas formas, cuando una página tiene cierto volumen, si realmente te interesa el SEO es de necios no hacer una auditoría mínimo 1 vez al mes como una tarea recurrente con Deep Crawl o Screaming Frog... ya ni siquiera porque el plugin pueda fallar, sino porque a veces incluso, ciertos links externos pueden dejar de funcionar o lo que sea, y es bueno tener la web saneada.
Y obviamente, un tracker de posiciones por dios, si se registra una caida hay que ver que esta pasando de inmediato. Es como ser adminsitrador de sistemas y pretender que al hacer un update del apache a veces este no pueda tener un bug severo que haga que todas tus páginas webs se vayan a tomar por saco... y decir: "apache es muy inestable, mejor uso nginx!".