Hombre, ¿si matas a una persona y luego salvas 100 vidas dejas de ser un asesino? No me parecería justa esa medida, si le fallas a un usuario en la mayoría de los casos la única "barrera" ante la indefensión de haber perdido tiempo, dinero y/o trabajo es ponerle una negativa a la persona que no cumplió, y aunque luego te vuelvas un excelente comerciante a esa persona le has fallado igual el día que te la puso que 1 año después.
Considero que lo justo es ponerse en contacto con el usuario y compensarle si consideras que merece la pena el gasto para borrarte la negativa. Si para ti tu reputación lo merece afrontarás el coste, y si no es así no mereces que se te retire la negativa, así de simple. El usuario que la puso siempre puede editarla, cosa que me parece un gran acierto. También puede ocurrir que el usuario no atienda a razones y se niegue, pero estaría en su total derecho de hacerlo, eso ya dependerá del usuario y del tipo de incumplimiento que acarreó la calificación.