omar en mi opinion lo que tienes que hacer es quitar los megapárrafos llenos de keys y meter algo de contenido de texto en las paginas que no tienen nada. No sería un mal paso. En teoria si ha sido el propio algoritmo el que te ha penalizado, que es lo que supongo, en cuanto soluciones esos "problemillas" y el spider vuelva a pasar por tu web, la penalizacion deberia quitarse. Si ocurre eso y no se quita sera por 2 cosas: o bien aún siguen quedando fallos o cosas que el spider detecta como penalizable o bien quizas haya sido una penalizacion manual y eso ya es mas serio.
Si llegas a estar seguro de que tu web cumple en general la politica de calidad de google y a pesar de que el robot visite tu web, no le quita la penalizacion, entonces desde las webmaster tools deberias "solicitar la reinclusion de tu web", y si todo esta correcto en teoria G dice que volvera a tratarla normalmente.