Blogers, se me hace complicado tratar de entender que es exactamente lo que te pasó para tratar de ayudarte o sugerirte algo, si pudieras expecificar un poco más y en forma un poco más clara quizás se te pueda ayudar mejor.
Te lo digo por que quizás yo pasé por algo similar: tengo un sitio con script y diseño propio creada desde cero, el caso es que al empezar a poner en funcionamiento el sitio creció bastante rápido y a pesar de que me alegró me inquietaba un crecimiento tan rápido, mucho mayor al que esperaba. Revisando el HTML del sitio me di cuenta que cada URL creada a partir de cada búsqueda hecha en el sitio tenía muchos enlaces salientes do_follow hacia páginas importantes y primeros lugares de cada búsqueda.
Como los ingresos subieron bastante rápido tuve que tomar la decisión de cambiar la programación del script (hecho por el mismo programador desde cero) y que el mismo colocara en forma automática nofollow a todos los enlaces salientes de cada una de las URLs ya indexadas en google. Sabía que eso causaría una caída de visitas y puestos pero habiendo tenido experiencia en las penalizaciones y habiendo leído sobre las penalizaciones a otros usuarios del foro decidí hacerlo.
Las visitas cayeron de un día a otro, como era de esperar, pero a partir de ese momento se ha desarrollando un crecimiento estable y creo que más sostenible, llegando a generarme el último mes alrededor de US $270, no es mucho, pero para un sitio en el solamente controlo algunas cosas básicas es muy interesante.
Te cuento esto por que me parece que tu script hace algo parecido al mío, por tanto te sugeriría que si es que estás seguro que tu sitio está penalizado compres otro dominio e instales allí tu script teniendo cuidado con los enlaces nofollow, su crecimiento será más lento, pero sostenible.
Tu que te dedicas al SEO ¿De todo esto no te ha dado la idea de posicionar sitios web temporales y de alta competencia en base a enlaces salientes (dofollow) importantes? Es una tarea que la tengo pendiente por falta de tiempo.
Saludos.